这个世界上曾经有着一个被称为“光之巨人”的存在。不久，“光之巨人”完成了他的使命，返回了遥远宇宙的故乡，跟他同化的地球人也失去了过往的记忆，回到了自己原本的地方。奥特曼的存在已成为过去之物，科学特搜队日本支部也结束了它的功能，被改建成光之巨人纪念馆。 早田进次郎是一名已经过了多愁善感的青春期的高中生。然而，他意识到自己拥有惊人的弹跳力和健壮的肉体等正常人类所不具有的力量。 某天，进次郎知道了父亲早田进曾经是奥特曼。而且，在没有奥特曼守护的地球上，暗中策划各种阴谋活动的外星人依然存在着。 作为隐秘组织而健在的科学特搜队的井手队员开发了奥特曼装甲，而进次郎是少数可以穿装着它的适合者。 “开门见山地说吧——我希望你能成为奥特曼！”

世界上发生大规模地球人消失事件，进次郎和玲奈也同时消失了。消失的进次郎和玲奈被传送到了位于卫星轨道的外星人飞船上。 自由记者光太郎因为调查“消失事件”之谜知晓了太多真相，后来惨遭灭口。但有人不希望光太郎就这样死去，于是复活了光太郎。复活后的光太郎变成了超人。 外星人恐怖组织“黑暗之星”向世界发出了声明。他们以人质为要挟，要求获得地球的公民权。科特队为了救出人质，与“黑暗之星”的外星人展开了激烈的战斗。佐菲、杰克、艾斯也赶来帮助科特队解救人质。这一次奥特六兄弟，全员到齐！ 金古桥降临在涩谷大肆破坏城市。进次郎为了救出所有人质，他团结起大家的力量，众人齐心协力打败了金古桥。金古桥内部的人质也都全部成功获救。

进次郎被噩梦所困扰。他梦到了曾经光之巨人奥特曼与怪兽“芝顿”对峙的梦。 而且，他现在遇到了全新的问题，那就是日渐增强的奥特曼之力已经渐渐难以控制了。 就在这段时间发生了假冒机动奥特曼破坏街道的事件。世界上“奥特曼危机”的舆论愈演愈烈，科特队陷入了口诛笔伐之中。 只不过，这些全都是某个外星人的阴谋罢了。其中的幕后黑手居然是艾德！ 艾德目的只有一个，终结地球人对于奥特曼的信仰。为此，艾德引导进次郎走向成为光之巨人的道路，然后再打败进次郎。 巨大化的芝顿被艾德召唤并与科特队展开了激烈的战斗。 奥特六兄弟与玛丽装甲集结，并肩作战。 艾德身穿自己的芝顿装甲登场，最后的危机时刻来临。 进次郎也穿上了全新的装甲去迎战对手。